Ali dini tədris müəssisəsi olan Bakı İslam Universiteti (BİU) SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dini İşlər Şurasının 17.01.1989-cu il tarixli 2№-li protokoluna əsasən Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin nəzdində Bakı İslam Mədrəsəsi kimi fəaliyyətə başlamışdır. QMİ-nin 14.01.1991-ci il tarixli 2№-li əmrinə əsasən bu təhsil müəssisəsinin bazasında Bakı İslam İnstitutu yaradılmışdır. QMİ-nin təşəbbüsü ilə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyi Kollegiyasının 01.03.1994-cü il tarixli qərarına əsasən BİU-nin adı dəyişdirilərək, Qafqaz İslam Universiteti adlandırılmışdır. Qafqaz İslam Universiteti Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin 17.03.1997-ci il tarixli qərarı ilə Bakı İslam Universiteti kimi yenidən dövlət qeydiyyatından keçmişdir. Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin 27 iyun 2002-ci il tarixli, 163№-li sərəncamına əsasən BİU 135 saylı şəhadətnamə ilə yenidən qeydiyyata alınmışdır.
2009-cu ildə Təhsil Nazirliyi Bakı İslam Universitetinin fəaliyyətinə xüsusi razılıq (lisenziya) vermişdir. Həmin razılığa əsasən Universitetdə bakalavr səviyyəsində Dinşünaslıq ixtisası, magistratura səviyyəsində isə Dinlərin tarixi və İslamşünaslıq ixtisaslaşmaları üzrə kadr hazırlığı aparılır.
Hazırda Bakı İslam Universitetində 2 fakültə: İslamşünaslıq və Şəriət fakultələri vardır. Universitetdə həm dini, həm də dünyəvi fənlər tədris olunur. Təhsil əyani və qiyabi şöbələrdə aparılır.
Universitetdə Şəriət və Quran elmləri, İctimai (dünyəvi) elmlər və Dillər kafedraları fəaliyyət göstərir.
Bakı İslam Universitetinin geniş xarici əlaqələri vardır. Belə ki, BİU Misir, Malayziya, Liviya, Suriya və Türkiyədə fəaliyyət göstərən İslam Universitetləri və dini tədris mərkəzləri ilə sıx əməkdaşlıq edir. Universitetin müəllim və tələbələri müntəzəm olaraq müxtəlif xarici ölkələrdə təşkil olunan beynəlxalq konfrans və müsabiqələrdə iştirak edirlər.
Respublika Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamı ilə Təzəpir məscidinin həyətində aparılan əsaslı və yenidənqurma işləri sırasında Bakı İslam Universiteti üçün dörd mərtəbəli yeni tədris korpusu tikilmişdir.
Hal-hazırda Universitetdə 1286 nəfər tələbə təhsil alır. Universiteti bu günə qədər 2235 nəfər bitirmişdir. Məzunların işlə təmin olunmasında Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi yaxından iştirak edir. Universiteti bitirənlər həmçinin MDB məkanında fəaliyyət göstərən diaspora təşkilatlarında, diplomatik nümayəndəliklərdə, eləcə də müxtəlif Xeyriyyə Fondlarında çalışırlar.