1918-ci il 28 may günü Tiflisdə Milli Şura Azərbaycan istiqlalını elan edən zaman Cənubi Qafqaz Şiə və Sünni Ruhani İdarələri də bu şəhərdə yerləşirdi. Qafqazda müstəqil dövlətlərin yaradılması və bu dövlətlər arasında mövcud münasibətlər region müsəlmanlarının vahid dini idarədə birləşməsini demək olar ki, mümkünsüz edirdi. Ona görə də Azərbaycan hökuməti Cənubi Qafqaz ruhani idarələrinin Azərbaycana, Gəncə şəhərinə köçürülməsini məqsədəuyğun hesab etdi.

Məhz Gəncədə şiələrlə sünnilərin vahid dini idarəsinin yaradılması məsələsi gündəliyə çıxarıldı. Maraqlıdır ki, vahid dini idarənin yaradılması ideyasını ilk olaraq ruhani rəhbərlər irəli sürdülər və sonra da bunu həyata keçirdilər. Bu, onu göstərirdi ki, vaxtı ilə çarizmin məzhəb ayrılıqlarından istifadə edərək Azərbaycan dindarları arasında ədavət yaratmaq niyyətləri artıq baş tutmamışdı.

Ruhanilər idarənin “Məşixət” adı altında yenidən qurulması təşəbbüsü ilə çıxış etdilər. Şeyxülislam və müftinin 1 sentyabr 1918-ci il tarixli birgə qərarı ilə hər iki idarə “Məşixət” adlanan vahid bir idarədə birləşdirildi. Bakının azad edilməsindən sonra isə Məşixət paytaxt Bakıya köçdü.

1920-ci ilin martında hökumət Məşixət sədrlərinə nazir köməkçiləri ilə eyni status verilməsi barədə sərəncam verdi.

Məşixət hər hansı bir şəxsi ruhani kimi vəzifəyə təyin edərkən yerli rəhbərliyin həmin şəxs barədə rəyini başqa sözlə desək, onun haqqında xasiyyətnaməni nəzərə alırdı. Lakin bu heç də o demək deyildi ki, təyinat mülki rəhbərliyin rəyindən asılı olaraq verilirdi. Çar Rusiyası dövründən fərqli olaraq Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Parlamentin qəbul etdiyi yeni qanunlara görə, ruhani vəzifələrə təyin etmə birbaşa ruhani idarəsinin səlahiyyətinə verilmişdi. Bu dövrdə idarə bir təsisat olaraq gücləndi və fəaliyyət dairəsi genişləndi.